松本藩の廃仏毀釈に関して、『明治仏教史の問題』（辻善之助著、立文書院、1949年発行、22〜25ページ）は、次のように述べています（旧漢字は新書体に改めています。また、原文には改行が皆無なので、適宜改行を加えました）。

松本に於ては、時の藩知事戸田光則は朱子学を奉じ、其下に大参事稲村久兵衛といふ者があって、之も朱子学を奉じ、殊に居た水戸学を尊奉して居た。其次に小参事神片神五左衛門及び岩崎作楽など畏怖国粋家が居た。

藩主は先づ自らその家に関係ある諸寺院を廃毀して、範を領内に示した。即ち明治二年七月、自家の祈願所たる弥勒院の住僧が、常に戸田家の氏神五社神社の神前に読経するの例を止めて、弥勒院を廃して、其住僧は復飾せしめて、五社神社の神官とした。

又戸田家の菩提所たる全久院及び前山寺をも廃毀した。全久院の住寺恵亮は、屡之に抗弁して、廃寺の妄を弁じ、寺門の存続を嘆願したけれども、却下せられたので、遂に止むなく、本尊及び開山像を奉じて、郷里越後に帰り、出雲崎に寺号を移して、一宇を建立した。

次に藩士全般に廃仏を実行せしめんとするに当り、戸田藩知事は、政府の承認を得んが為めに、太政官弁官に宛てゝ、願書を差出し、藩士悉く神葬祭に改め、ついで管内悉く神葬祭に改めたい、之については当藩菩提寺全久院及び前山寺は既に神葬を願出で承届けたる上は、無檀地になり、無益の贅物なるにより、之を廃却し、住僧は生活の道立つまで、家禄の内より之を扶助し、両寺共学校に改めたい、此他管内寺院無檀無住の贅物は、同様に破却仕たしといふ主意であつた。弁官からの指令は、故障の筋なくば苦からずといふのであつた。

これによりて先づ葬事改良の為めに、角田忠行の著葬事略記を一般に読ましめた。

翌四年の頃より、廃寺の実行に着手し、改典掛といふを設け、岩崎作楽が之に任ぜられ、藩士は家老用人以下足軽に至るまで、残らず改典し、次に町方役人も残らず神葬に改めしめた。

ついで掛役人は、村々へ出張して、村役人に命じて、小前の細民に至るまで集めて説諭し、廃仏の必要を説き、神葬祭を出願せしめた。藩庁へは、毎日一村数百人づつ三四ケ村程づつ願書が到着した。

寺院へも同様に出張巡回して、廃寺帰農の理由と利益とを説明した。大町村の曹洞宗大沢寺快竜は、此等役人に対して大に弁ずる所あり、之を閉口せしめ、終にその廃寺の厄を免れたといふ。

松本の真宗正行寺佐々木了綱は、廃寺帰農に反対し、其末寺宝栄寺等の諸寺と力を合せて、京都本山及び浅草輪番の手により、東京府を経て、中央政府に反対運動を起し、苦心奮闘し、藩庁に対しては、本山の命令なき以上は、決して藩命に従うこと能はずと、身命を賭して抗議し、藩庁に出頭すること前後十七八回に及び、其間二ケ年に亙つて、藩よりの干渉圧迫を意とせず、知人親戚の勧誘をも却け、節を守りて屈せず、遂に寺運を全うした。

之が為めに、真宗両派の寺院は、たゞ一ケ寺を除くの外は廃寺の厄を免れたのである。此時廃仏の当事者たりし岩崎作楽は、幼名を八百之丞というたが、真宗の御坊が独り廃寺とならなかつたに就て、時人落首を作つて、「八百屋さん残りの牛蒡はどうなさる」と嘲った。

松本市内には、廿四ケ寺あつた。その内廃寺の厄を免れたものは正行寺外三ケ寺で、残二十ケ寺は廃せられた。

戸田領内浄土宗の寺は三十ケ寺あつた。その内廃寺二十七ケ寺に及んだ。曹洞宗は四十ケ寺の内九ケ寺を除き、あとは皆廃せられた。真言宗廃寺十ケ寺、日蓮宗は四ケ寺あつたが全廃せられ、真宗は八ケ寺の内一ケ寺だけ廃せられた。

真宗に廃寺の少かつたわけは、別に女犯による罪跡の、認むべきものもなく、殊に寺を出るに於ては外に往く所もなく、生れた所の寺なれば、之に居住致すより外なきによるといふことである。

廃寺に伴うて、仏体仏具の類は何処にもある例の如く、火中に投ぜられたものが少くない。中には他所に転々して、其行衛の知られぬものも若干はある。

寺院外の石塔類の破壊も盛に行はれ、松本の城山には、従来無数の石塔が列んで居たが、神の世になつたから、仏に関したものは、高所に置くべからずとて、血気にはやるものどもが、力任せに崖より谷へと投げ落した。又辻々路傍の供養塔・巡礼塔等も路傍に倒されて埋没し、或は堤防の下積、石垣の下積、溝の石橋となったものも多い。

かくの如く廃寺の断行につとめた間に、四年七月廃藩置県の令が出て、十一月十六日松本藩廃止せられ、藩主は東京に出で、廃仏の事は自然有耶無耶になつた。